Des exemples comments et gnralement illustrs sont disponibles sous forme de Jupyter Notebooks

Commented and generally illustrated examples are available in the form of Jupyter Notebooks

• Document principal et pr-requis / Main document and prerequisites
• Comment lire et utiliser ces notebooks ? / How to read and use these notebooks?
  • 1. Installer Jupyter ainsi qu'une distribution Python / Install Jupyter as well as a Python distribution
  • 2. Cloner ou Tlcharger le dpt (repository) pyPhysChem / Clone or Download the pyPhysChem repository
    • Linux
    • Windows
  • 3. Excuter ces notebooks l'aide de JupyterLab / Run these notebooks with JupyterLab
    • Linux
    • Windows
• Bibliothques Python & extensions Jupyter ncessaires / Required Python libraries and JupyterLab extensions
  • Bibliothques / Libraries
  • Extensions JupyterLab / JupyterLab extensions
• Liste des changements / List of changes
• Comment citer ce travail ? / How to cite this work?

Document principal et pr-requis / Main document and prerequisites

Il faut lire le fichier TOC.ipynb, qui renvoie vers des sous-thmes. Chaque sous-thme est introduit par les objectifs de ces TP, ainsi qu'une table des matires qui permet d'accder aux cours/TP et aux exercices.

Pr-requis : des notions trs lmentaires d'algorithmique (variables, tests conditionnels, boucles). 🤔 Vous voulez rafrachir vos connaissances et renforcer vos acquis ? Le notebook PPCL.ipynb est fait pour a. Il est un peu long, mais il en vaut la peine 😊. Vous pouvez peut-tre mme vous lancer sans aucune connaissance algorithmique de base. C'est vous de voir si cela vous suffit.💪💪🏼💪🏿

Read the TOC.ipynb file, which points to subtopics. Each subtopic is introduced by the goals of the course, as well as a table of contents that allows access to the courses/tutorials and exercises.

**Prerequisite* : very basic notions of algorithmic (variables, conditional tests, loops).* 🤔 Do you want to refresh your knowledge and reinforce your skills? This is what the PPCL.ipynb notebook is for. It's a bit long, but it's worth the effort 😊. You may even be able to get started without any basic algorithmic knowledge. It's up to you to see if that's enough for you.💪💪🏼💪🏿

Comment lire et utiliser ces notebooks ? / How to read and use these notebooks?

1. Installer Jupyter ainsi qu'une distribution Python / Install Jupyter as well as a Python distribution

Il faut d'abord avoir install Jupyter ainsi qu'une distribution python sur son PC.

La solution la plus simple est d'installer et utiliser Anaconda, qui est une distribution libre et open source du langage de programmation Python :

• Les versions de paquetages sont gres par le systme de gestion de paquets conda
• Elle comprend galement Anaconda Navigator, qui est une interface graphique "user-friendly"
• Les applications suivantes sont disponibles par dfaut dans le navigateur :
  • JupyterLab & Jupyter Notebook
  • Spyder
  • RStudio
  • ...
• Anaconda est disponible pour MacOS, Windows, Linux.

First install Jupyter as well as a Python distribution on your PC.

A simple and easy possibility is to install Anaconda, a free and opensource distribution of the Python programming language:

• Package versions are managed by the package management system conda
• It also includes a user friendly GUI, Anaconda Navigator
• The following applications are available by default in Navigator:
  • JupyterLab & Jupyter Notebook
  • Spyder
  • RStudio
  • ...
• Anaconda runs under MacOS, Windows, Linux.

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2. Cloner ou Tlcharger le dpt (repository) pyPhysChem / Clone or Download the pyPhysChem repository

Tlcharger / Download

Ce n'est pas la faon de faire qui est recommande, bien que ce soit la plus simple. Essayez plutt le clonage (voir paragraphe "cloner le dpt" ci-dessous ) / **It is not the recommended way, although it is the simplest. Try clone the repository instead (see the "clone repository" subsection below )

Tlchargez l'archive zip / Download the zip archive

Cloner le dpt / Clone the repository

C'est la mthode recommande, car elle facilite la mise jour des notebooks / **This is the recommended way, given the ease of updating notebooks

Sous Linux / Under Linux

Sous Windows / Under Windows

Vous devez tlcharger et installer l'application git. Ne changez aucune option par dfaut, l'exception de l'diteur Nano au lieu de vi / You must download and install the git application. Do not change any default options, except for the Nano editor instead of vi

Excutez ensuite l'application Git GUI. a devrait ressembler a : / Then run the Git GUI application. It should look like:

Cliquez sur "Clone existing repository". Collez l'adresse https://github.com/rpoteau/pyPhysChem.git dans le champ "Source location". Choisissez un emplacement o cloner pyPhysChem dans "Target Directory", ajoutez pyPhysChem au chemin. Ce rpertoire va tre cr par Git GUI / Click on "Clone existing repository". Paste the https://github.com/rpoteau/pyPhysChem.git in the "Source location" field. Choose the local target folder. Add pyPhysChem to the pathway. This folder will be created by Git GUI

Cliquez sur "Clone". Patientez. la fin de l'installation, vous allez voir cette fentre : / Click on "Clone". Wait. This window will appear after the installation is completed:

Vous pouvez fermer cette application / You can close this application

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3. Excuter ces notebooks l'aide de JupyterLab / Run these notebooks with JupyterLab

Sous Linux / Under Linux

Sous Windows / Under Windows

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Bibliothques Python & extensions Jupyter ncessaires / Required Python libraries and JupyterLab extensions

Bibliothques / Libraries

Vous devez installer les bibliothques suivantes dans votre environnement Python / You must install the following libraries in your Python environment:

• matplotlib
• numpy
• scipy
• sympy
• pandas
• dataframe-image
• seaborn
• scikit learn
• tensorflow
• keras
• plotly
• jupyter_jsmol
• rdkit
  
  
• = bibliothque installe par dfaut avec Anaconda / library installed by default in Anaconda
• = bibliothque installer dans l'environnement de base de Anaconda / library to be installed in the base environment of Anaconda:
  • dans Anaconda navigator, cliquez sur "Environments", puis sur "Base" / select "Environments" and "Base" in Anaconda Navigator
  • puis slectionnez "not installed", et enfin entrez dans le champ "search package" le nom de la bibliothque que vous voulez installer (exemple keras) / then select "not installed", and finally enter in the "search package" field the name of the library you want to install (e.g.keras)

Extensions JupyterLab / JupyterLab extensions

Certaines extensions JupyterLab sont recommandes, voire ncessaires / Some JupyterLab extensions are recommended or even necessary:

• @jupyterlab/plotly
• @jupyterlab/latex

Les installer via l'onglet "extension manager" de JupterLab ; vous pouvez faire les chercher dans la liste ou bien utiliser le champ "search" / Install them using the JupyterLab "extension manager" tab; you can search them in the list or use the "search" field

Liste des changements / List of changes

Liste des changements / List of changes

Comment citer ce travail ? / How to cite this work?

Si vous utilisez des parties significatives des codes publis dans ce dpt github, ou bien s'il a t utile pour votre auto-formation, veuillez le citer comme suit :
If you use pieces of code of this github repository that turned out to be decisive to your work, or that have been useful for your self-learning, please cite it as follows:

N. Bernard, M. Charnay, S. Christodoulou, I. C. Gerber, F. Jolibois and R. Poteau, *Python in the Physical Chemistry lab (pyPhysChem) github repository, release v. 1.9.0 (2024), doi: 10.5281/zenodo.8396813

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