Data

Tools

Indexes

Applications

Experiments

Open Source Science

bioinfo_demo

Ce projet propose un pipeline de traitement d’images de cellules au format `.tif`, construit avec **Snakemake** et conçu selon les principes **FAIR**

https://github.com/maximedieudonne/bioinfo_demo

Science Score: 44.0%

This score indicates how likely this project is to be science-related based on various indicators:

  • ✓
    CITATION.cff file
    Found CITATION.cff file
  • ✓
    codemeta.json file
    Found codemeta.json file
  • ✓
    .zenodo.json file
    Found .zenodo.json file
  • ○
    DOI references
  • ○
    Academic publication links
  • ○
    Academic email domains
  • ○
    Institutional organization owner
  • ○
    JOSS paper metadata
  • ○
    Scientific vocabulary similarity
    Low similarity (7.9%) to scientific vocabulary
Last synced: 6 months ago · JSON representation ·

Repository

Ce projet propose un pipeline de traitement d’images de cellules au format `.tif`, construit avec **Snakemake** et conçu selon les principes **FAIR**

Basic Info
  • Host: GitHub
  • Owner: maximedieudonne
  • License: other
  • Language: Python
  • Default Branch: master
  • Size: 41 KB
Statistics
  • Stars: 0
  • Watchers: 0
  • Forks: 0
  • Open Issues: 0
  • Releases: 0
Created 7 months ago · Last pushed 7 months ago
Metadata Files
Readme License Citation

README.md

Image Processing FAIR Pipeline

Ce projet propose un pipeline de traitement d’images de cellules au format .tif, construit avec Snakemake et conçu selon les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).

Les images utilisées sont les images disponibles publiquement via https://celltrackingchallenge.net/

Il inclut les étapes suivantes : 1. Segmentation : détection des cellules (premier plan / arrière-plan) 2. Colorisation : chaque cellule est affichée dans une couleur différente

dpfstar display

Structure du projet

bash BioInfo_demo/ ├── Snakefile # Définition du pipeline Snakemake ├── config.yaml # Configuration des images à traiter ├── envs/ # Environnements Conda pour chaque étape │ └── bioinfo_env.yaml ├── data/ # Données d'entrée │ ├── raw/ # Images TIFF d'origine │ └── metadata.csv # Métadonnées des images ├── results/ # Résultats générés par le pipeline │ ├── masks/ │ └── colored/ ├── scripts/ # Scripts Python pour le traitement │ ├── segment.py │ └── colorize.py ├── docs/ # Rapport ou documentation complémentaire ├── LICENSE # Licence du projet ├── CITATION.cff # Fichier de citation └── README.md # Ce fichier

Lancer le pipeline

Prérequis

Installation

Clonez ce dépôt :

bash git clone https://github.com/votre-utilisateur/bioinfo_demo.git cd bioinfo_demo

Configuration

Modifiez le fichier config.yaml pour définir les images à traiter :

yaml images: - t001.tif - t002.tif Les images correspondantes doivent se trouver dans data/raw/.

Execution

snakemake --use-conda --cores 4 --latency-wait 20

Environement Conda

Les dépendances sont gérées automatiquement par Snakemake à partir du fichier : envs/bioinfo_env.yaml

Snakemake créera les environnements requis automatiquement (avec --use-conda).

Licence

Ce projet est distribué sous la licence MIT. Voir LICENSE.

Citation

Si vous utilisez ce pipeline, merci de citer le projet :

yaml cff-version: 1.2.0 title: "Cell Tracking FAIR Pipeline" authors: - family-names: Maxidieu given-names: <Prénom> license: MIT version: 1.0

Voir CITATION.cff.

Contact

Pour toute question, contribution ou bug, contactez : maximedieudonne@protonmail.com

Owner

  • Login: maximedieudonne
  • Kind: user

Citation (CITATION.cff) 

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this pipeline, please cite it as below."
title: "Image processing demo FAIR Pipeline"
authors:
  - family-names: Dieudonne
    given-names: Maxime
license: MIT
version: 1.0

GitHub Events

Total
  • Push event: 3
  • Create event: 2
Last Year
  • Push event: 3
  • Create event: 2