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frasyr

Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

https://github.com/ichimomo/frasyr

Science Score: 26.0%

This score indicates how likely this project is to be science-related based on various indicators:

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    Found .zenodo.json file
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Last synced: 11 months ago · JSON representation

Repository

Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

Basic Info
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  • Stars: 17
  • Watchers: 8
  • Forks: 23
  • Open Issues: 80
  • Releases: 14
Created about 7 years ago · Last pushed 11 months ago
Metadata Files
Readme License

README.md

frasyr

Build status Codecov test coverage - Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R - VPAを用いた資源量推定と，その推定結果をもとにしてMSYを基礎とした目標管理基準値を計算するためのRのパッケージです．開発途中のものであること，ご承知おきください．

使い方など

https://ichimomo.github.io/main/ に一括した情報へのリンクがあります

インストール方法

```

devtoolsをインストールしていない人はインストールする

install.packages("devtools")

マスター版（最新・安定版）をインストールする場合

devtools::install_github("ichimomo/frasyr")

開発中の最新版をインストールする場合（バグ可能性あり！）

ref=""で開発中のブランチを指定します。だいたい、"dev"ブランチに開発中のものがあります

devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev")

過去の安定版を指定してインストールする場合

@以下にリリースバージョンを指定します

devtools::install_github("ichimomo/frasyr@v1.00")

以上の操作をしてfrasyrをインストールしてから、以下のコマンドで呼び出します

library(frasyr)

```

リリースバージョン

  • v1.00 : future-rvpaから移動してきたほぼそのままのバージョン
  • v1.10 : future.vpaにuse.MSEオプションを追加
  • v1.20 : 2019年アジ・イワシ事前検討会用
  • v2.00 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(事前配布版)
    • 将来予測のメイン関数をfuture.vpaからfuture_vpaに移行。基本的な使い方は以下のマニュアルのリンク先を参照のこと
  • v2.01 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(最終版)
    • fit.parでL1の場合のSDをRMSEに統一
  • v2.1.0.0 : 2020年度資源評価会議用プロトタイプバージョン
    • VPAを用いたモデル診断スクリプトをvignetteに追加
    • 途中でプラスグループが変わる（対馬マイワシ）VPAの計算を修正
    • ほか、関数のテストを充実。

マニュアル

  • VPAによる資源量推定　vignette
  • VPAモデル診断スクリプト　vignette
  • fitSR関数による再生産関係推定　vignette

これらはRコマンドで以下のようにしても見れます。 devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev", build_vignettes=TRUE) # インストールするときにvignetteを作る（時間かかります） library(frasyr) vignette(package="frasyr") # 利用可能なvignetteを調べる vignette("vpa",package="frasyr") # VPAの実施のしかた vignette("Diagnostics-for-VPA",package="frasyr") # VPAのモデル診断

  • 再生産関係のモデル診断 wiki
  • 将来予測関数の使い方：wiki

=======

frasyr_tool群の全体説明はこちら

Owner

  • Name: Momoko Ichinokawa
  • Login: ichimomo
  • Kind: user
  • Location: Yokohama
  • Company: National Research Institute of Fisheries Science, FRA

GitHub Events

Total
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Last Year
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Committers

Last synced: 12 months ago

All Time
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  • Committers: 7
  • Avg Commits per committer: 9.429
  • Development Distribution Score (DDS): 0.561
Top Committers
Name Email Commits
Momoko Ichinokawa i****5@g****m 691
ShotaNishijima n****h@g****m 127
fshin3 f****3@g****m 123
Akira Hayashi s****d@m****m 109
Mitsuyo Miyagawa m****i@g****m 76
Kohei Hamabe h****k@a****p 73
ichimomo i****9@f****p 34
Kohei Hamabe 0****0@m****p 33
Osamu Sakai s****s@f****p 20
Kohei Hamabe h****a@g****m 18
Akira Hayashi a****7@g****m 17
JK-junkin k****j@a****p 14
Shin FUKUI f****3@n****l 13
hamabek h****0@f****p 10
Hiroshi Okamura 4****i 8
AnguillaJaponica z****7@g****m 4
MIYAGAWA Mitsuyo 0****8@f****p 3
Junichi Imoto j****o@1****l 2
ichimomo i****o@a****p 2
snaoto n****d@g****m 2
akihirao a****o@g****m 1
Kohei Hamabe 6****E 1
snaoto 3****o 1
Committer Domains (Top 20 + Academic)
fra.go.jp: 3 affrc.go.jp: 3 gmai.com: 1 fra.affrc.go.jp: 1 ms.fra.affrc.go.jp: 1 me.com: 1

Issues and Pull Requests

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Past Year
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  • ichimomo (146)
  • Rindrics (33)
  • mmitsuyo (14)
  • ShotaNishijima (12)
  • fshin3 (10)
  • KoHMB (7)
  • YagiTatsunori (4)
  • OkamuraHiroshi (2)
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Dependencies

DESCRIPTION cran
  • R >= 3.5.0 depends
  • EnvStats * imports
  • GGally * imports
  • RcppRoll * imports
  • TMB * imports
  • assertthat * imports
  • covr * imports
  • doParallel * imports
  • dplyr * imports
  • forcats * imports
  • foreach * imports
  • formattable * imports
  • ggplot2 * imports
  • ggrepel * imports
  • gridExtra * imports
  • magrittr * imports
  • patchwork * imports
  • purrr * imports
  • readr * imports
  • rmutil * imports
  • splus2R * imports
  • stringr * imports
  • testthat * imports
  • tibble * imports
  • tidyr * imports
  • knitr * suggests
  • rmarkdown * suggests
.github/workflows/R-CMD-check.yml actions
  • actions/checkout v2 composite
  • actions/upload-artifact master composite
  • r-lib/actions/setup-pandoc v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r v2 composite
.github/workflows/pkgdown.yaml actions
  • actions/cache v1 composite
  • actions/checkout v2 composite
  • r-lib/actions/setup-pandoc v2 composite
  • r-lib/actions/setup-r v2 composite
.github/workflows/workflow.yml actions