McHugh, M. P., Horsfield, S. T., von Wachsmann, J., Toussaint, J., Pettigrew, K. A., Czarniak, E., Evans, T. J., Leanord, A., Tysall, L., Gillespie, S. H., Templeton, K. E., Holden, M. T. G., Croucher, N. J., & Lees, J. A. (2025). Integrated population clustering and genomic epidemiology with PopPIPE. Microbial Genomics, 11(4). https://doi.org/10.1099/mgen.0.001404