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fastqtogenecounts
This is an automated pipeline to map SRR files to gene counts
dissmapr-test1
R package to analyse compositional dissimilarity and biodiversity turnover
data-registry
The FAIR Data Registry is a Django website and REST API which is used by the FAIR Data Pipeline to store metadata about code runs and their inputs and outputs
mafmine_mms
Web application for selecting mining methods based on geological parameters, using methodologies like Nicholas 1981, 1992, UBC, and Sh&B. Supports quick technical and economic evaluations with geomechanical classification tools. Built with JavaScript, HTML5, and CSS3, without frameworks.
llmswitcher
Routes to the most performant and cost efficient LLM based on your prompt [ 🚧 WIP ]
ouvrai
Create and run interactive behavioral experiments on the web, including VR studies, for free!
janus-llm
Leveraging LLMs for modernization through intelligent chunking, iterative prompting and reflection, and retrieval augmented generation (RAG).
jkidatacubedemo
Thed project demonstrates how to retrieve georaster data time series from the JKI Datecube via OGC webservices (WCS and WCPS) using Python.
pbr-si-ads-2023-2-p1-tiaw-g6-tech-sustentavel
pbr-si-ads-2023-2-p1-tiaw-g6-echo-tech created by GitHub Classroom
workshop2024-lesson-cms-detector
CMS Open Data Workshop 2024 pre-exercise for the CMS detector
jupyter-tutorial-de
Schulungsmaterialen für den Aufbau und die Nutzung einer Forschungsinfrastruktur auf Basis von Jupyter Notebooks: https://cusy.io/de/seminare
jupyter-tutorial
Training materials for setting up and using a research infrastructure based on Jupyter notebooks: https://cusy.io/en/seminars
generate-a-corpus-with-an-llm
The notebook in this repository is provided for students in DIGI405 at the University of Canterbury to query a Large Language Model (LLM) to generate a corpus. Students can adapt the code to generate their own data for an assignment.
statistical-maze-jspsych
Code for the statistical maze task written in jsPsych 7.
@stdlib/array-base-quinary4d
Apply a quinary callback to elements in five four-dimensional nested input arrays and assign results to elements in a four-dimensional nested output array.
semcloud
R package to process token-level clouds and get them ready for NephoVis
observatorium_serologischer_studien_zu_sars-cov-2_in_deutschland
Die seit 2019 auftretende Infektionskrankheit COVID-19, hervorgerufen durch das neuartige SARS-CoV-2-Virus, führte zu gesundheitspolitischen und gesamtgesellschaftlichen Herausforderungen. Um geeignete Maßnahmen zur Eindämmung der Pandemie ergreifen zu können und neue Erkenntnisse über die Pandemie zu gewinnen, gibt es vermehrt Forschungsbedarfe zu COVID-19. Ein Ansatzpunkt hierfür sind die gewonnenen Blutproben von infizierten sowie von nicht infizierten Personen, die in Laboren auf Antikörper gegen das SARS-CoV-2-Virus getestet und analysiert werden. Sie geben Aufschluss über den Anteil der Bevölkerung, der bereits eine Infektion mit SARS-CoV-2 durchgemacht hat, und schließen dabei nicht erkannte Infektionen (Untererfassung) ein.<br/>Das Projekt 'Observatorium serologischer Studien zu SARS-CoV-2 in Deutschland' (SERO-OBS Corona) gibt eine Übersicht zu Antikörper-Studien (sogenannte seroepidemiologische Studien) in Deutschland. Die seroepidemiologischen Studien basieren auf Blutproben von Bürgerinnen und Bürgern, die zu unterschiedlichen Zeitpunkten der Pandemie auf Antikörper gegen das SARS-CoV-2-Virus getestet wurden. Dabei sollen z. B. folgende Fragen beantwortet werden: Wie ist die Häufigkeit von SARS-CoV-2-Infektionen in verschiedenen Bevölkerungsgruppen? Wie hoch ist der Untererfassungsfaktor, der zeigt, wie viel Mal mehr Infektionen im Vergleich zu den bislang bekannten (gemeldeten) Fällen aufgetreten sind? In dem vorliegenden Projekt werden in Deutschland durchgeführte seroepidemiologische Studien zu SARS-CoV-2 seit dem Frühjahr 2020 über systematische Recherchen in Studienregistern, Literaturdatenbanken einschließlich Vorveröffentlichungen sowie Medienberichten fortlaufend identifizier und Studieninformationen sowie Ergebnisübersichten verfügbar gemacht.
word2doc2vec-doc-relevance
An approach exploring and assessing literature-based doc-2-doc recommendations using word2vec combined with doc2vec, and applying it to TREC and RELISH datasets
convert_oct_files_to_tif
A script that uses python and ImageJ to convert .OCT files into .TIF and .AVI files, crops them to only include the retina, renames them to the user's specifications, and enhances contrast.
topical-sirna-therapy-1
Functional and biocompatible wound dressing developed to enable a controlled release of a traceable vector loaded with the antisense siRNA against MMP-9 in the wound
mulimgviewer
OpenCas Mirror: MulimgViewer is a multi-image viewer that can open multiple images in one interface, which is convenient for image comparison and image stitching.MulimgViewer is a multi-image viewer that can open multiple images in one interface, which is convenient for image comparison and image stitching.
pmv-ads-2023-1-e3-proj-mov-t7-grupo4-orderapp
pmv-ads-2023-1-e3-proj-mov-t7-orderapp created by GitHub Classroom
pycoeus
python toolkit for exploratory and iterative segmentation of geo raster data
dibs
DIBS is an implementation of a basic controlled digital lending (CDL) system using IIIF to make scanned books available for time-limited viewing.
explainable-cell-graphs
Code and experiments of the Explainable Cell Graphs (xCG) paper
documentation
Multiples archivos en los que basarte y conocer que puedes agregar a un proyecto. La mayoria son archivos .md
qst
A public Python package to perform quantum state tomography through maximum likelihood estmation
pmv-ads-2023-1-e1-proj-web-t9-time3-projremediosolidario
pmv-ads-2023-1-e1-proj-web-t9-time3-projremediosolidario created by GitHub Classroom
urll-specification
The specification for the URLL file, a list of URLs in a single file.
https://github.com/fgasdia/possible-julia-bugs
Scratch repo for demonstrating possible bugs/issues
opensourcedmacromodels
A best-efforts collection of open-sourced macroeconomic models run by central banks and other official sector agencies (ie, ministries of economy)
bayesian-networks-f1-project
Code repository for Year 5 Undergraduate Project for Masters of Mathematics: "Bayesian Networks in Formula One Race Strategy"
mmcv-full-1.7.1-torch-2
Update setup.py for mmcv-full 1.7.1 to match torch >=2.
biobb_wf_md_setup
This tutorial aims to illustrate the process of setting up a simulation system containing a protein, step by step, using the BioExcel Building Blocks library (biobb).
csv2ical
A CLI tool that converts a CSV file with event details into an iCalendar ICS file. The ICS file can then be imported into apps like Google Calendar, Microsoft Outlook, Apple macOS Calendar and etc.
aramis-data-exporter
The data exporter is a third-party Python package that enables the export of 3D digital image correlation (DIC) data from a Zeiss GOM Inspect/ARAMIS Professional project in a neutral and human-readable ASCII data format
uc-cwr
The code base for the Crop-Wild-Relative (CWR) Biodiversity Digital Twin use-case led by UiO
deepseek-ai
DeepSeek AI | Mixture-of-Experts Vision-Language Models for Advanced Multimodal Understanding
https://github.com/fgasdia/starmatch.jl
An implementation of the Rotation Invariant Vector Frame star matching algorithm.
